Depuis 2005 , afin de mieux garantir la qualité de leur label, les Logis de France, sont contrôlés systématiquement par des organismes extérieurs, sous forme de visites "Client mystère" . Ces contrôles sont réalisés au maximum tous les 3 ans.

Le plan Qualité Tourisme a été initié lors du comité interministériel du 9 septembre 2003. Pour améliorer l'image de la France, développer les emplois et créer de la richesse, la qualité est devenue la priorité de l'ensemble des acteurs du tourisme fédérés par l'État.

Un organisme tierce-partie, AFAQ AFNOR Certification, certifie le respect des engagements de l'hôtel certifié HOTELcert® tout au long du cycle de certification (sur trois ans).